Il y a un peu de confusion dans cette discussion. Plusieurs images de gares se rapportent à d'autres réseau jurassiens (CFV = Compagnie Générale des Chemins de Fer Vicinaux ou CFD = Chemins de Fer du Doubs) qui n'ont jamais été raccordés au Nyon St-Cergue Morez. Entre Morez et Saint-Laurent-en-Grandvaux, il y avait une VN (PLM, actuellement SNCF).
Gellin était sur une ligne CFD qui partait bien de Pontarlier, mais allait jusqu'à Foncine-le-Haut (Mouthe n'étant que l'avant-dernière gare), où elle était raccordée au Tacot du Jura (CFV) vers Lons-le-Saulnier via Clairvaux-les-Lacs, et passant par les Rouges-Truites, et aussi au tramway électrique (aussi CFV) vers Boujailles et Champagnole.
Chaffois se trouvait sur une autre ligne CFD au départ de Pontarlier, conduisant jusqu'à Besançon.
Quant à la gare "juste avant d'arriver à Champagnole", elle est difficile à identifier, vraisemblablement La Perrena. Le tramway électrique desservait ensuite Crans, Sirod et Sapois avant d'atteindre Champagnole.
On peut se reporter aux publications de
Monsieur Mandrillon, fort bien documentées.